ในปี พ.ศ. 2538 หอภาพยนตร์แห่งชาติ ได้รับมอบฟิล์มภาพยนตร์ที่สร้างในระหว่างปี พ.ศ. 2498-2512 จากห้องแล็บของบริษัทแรงค์ แลบอราทอรี่ส์ ประเทศอังกฤษ ซึ่งเก็บรักษาในสภาพที่ค่อนข้างสมบูรณ์ จำนวนประมาณ 20 เรื่อง รวมถึงภาพยนตร์ของรัตน์ ได้แก่ ชั่วฟ้าดินสลาย (2498), โรงแรมนรก (2500), สวรรค์มืด (2501) และ แพรดำ (2504)

ปี พ.ศ. 2543 วิศิษฏ์ ศาสนเที่ยง ผู้กำกับภาพยนตร์เรื่อง ฟ้าทะลายโจร ได้อุทิศความดีของภาพยนตร์เรื่องนี้ให้รัตน์ รวมทั้งทีมงานคัดเลือกนักแสดงนำชาย (บท ดำ) ใช้บุคลิกของ ชนะ ศรีอุบล เป็นต้นแบบ ส่วนนักแสดงนำหญิง บท (รำเพย) ใช้บุคลิกของ รัตนาวดี รัตนาพันธ์ บุตรสาวคนโตของรัตน์ จาก แพรดำ (2504) เป็นต้นแบบ [12]

ในปี พ.ศ. 2548 กิจกรรม 100 ภาพยนตร์ไทยที่คนไทยควรดู ของหอภาพยนตร์แห่งชาติ เพื่อยังให้เกิดปัญญา ได้บรรจุผลงานของรัตน์[16] ,จัดสร้างหุ่นขี้ผึ้งจำลอง และ ฉากโรงแรมสวรรค์ ใน โรงแรมนรกไว้ให้ชมด้วย

ปัจจุบัน มูลนิธิหนังไทย เจ้าของลิขสิทธิ์ ได้จัดทำดีวีดีภาพยนตร์ของรัตน์ รวม 5 เรื่อง ได้แก่ ชั่วฟ้าดินสลาย (2498), โรงแรมนรก (2500), สวรรค์มืด (2501), แพรดำ (2504), น้ำตาลไม่หวาน (2507) พร้อมกับดีวีดีภาพยนตร์ของผู้สร้างอื่นๆ เรื่อง พระเจ้าช้างเผือก (2484), เงิน เงิน เงิน (2508) และ เกาะสวาทหาดสวรรค์ (2512) สั่งซื้อได้ที่เว็บไซต์ของ มูลนิธิหนังไทย[17]

จากผลงานกำกับหนังสั้นรางวัลชนะเลิศ เรื่อง แตง มูลนิธิหนังไทย จึงจัดประกวดหนังสั้นสำหรับบุคคลทั่วไปประจำทุกปี ตั้งแต่ พ.ศ. 2540 โดยใช้ชื่อเพื่อเป็นเกียรติว่า "รางวัลรัตน์ เปสตันยี"

เมื่อ พ.ศ. 2551 หอภาพยนตร์แห่งชาติ และมูลนิธิหนังไทย จัดโครงการ 100 ปี รัตน์ เปสตันยี ด้วยกิจกรรมรำลึกต่อเนื่องตลอดทั้งปี ที่ หอภาพยนตร์แห่งชาติ ศาลายา[18]